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ebm00175
2024/02
2024/07
Guides de pratique clinique
Adapté au contexte français par l’équipe éditoriale
Les maladies diarrhéiques d'origine infectieuse
Publication par Duodecim 1/01/2000
Mise à jour par Duodecim 10/01/2024
Contextualisation par ebmfrance 30/09/2025
 30/09/2025
Libre d'accès
Thème : Infectiologie ; Parasitologie
Les adaptations au contexte français sont affichées en bleu et signalées par le pictogramme

  • En cas de diarrhée aiguë, il est primordial de veiller à une hydratation adéquate.
  • Un traitement anti-infectieux n’est généralement pas nécessaire.
  • Il n'a pas été démontré que le traitement antibiotique prévient les maladies secondaires rares (par exemple l'arthrite réactionnelle).
  • Le choix du traitement dépend de l’agent causal et du tableau clinique.
  • Les médecins doivent signaler les maladies transmissibles dangereuses suivantes qui provoquent des diarrhées : dysenterie à Shigella, infection par Escherichia coli entérohémorragique (ECEH) et choléra. Les pathologies systémiques fébriles suivantes appartiennent au même groupe : fièvre typhoïde (Salmonella Typhi) et fièvre parathyphoïde (Salmonella Paratyphi A, B ou C), dont les symptômes peuvent inclure la diarrhée. Des différences nationales peuvent exister. Vérifier les exigences locales concernant la déclaration de ces maladies
    Le choléra, la fièvre typhoïde, paratyphoïde et les toxi-infections alimentaires collectives sont des maladies à déclaration obligatoire (Santé Publique France 2023)
    .
  • Pour les causes et les tableaux cliniques de l'intoxication alimentaire, voir Intoxication alimentaire

    Guide de pratique clinique

    Intoxication alimentaire

    .
  • Voir aussi les articles « Diarrhée aiguë du voyageur »

    Guide de pratique clinique

    Diarrhée aiguë du voyageur

     et « Douleurs abdominales prolongées chez le voyageur »

    Guide de pratique clinique

    Douleurs abdominales prolongées chez le voyageur

    .
  • Noter que l'épidémiologie de ces agents pathogènes varie selon les pays.Se renseigner sur l’épidémiologie locale.

  • Les bases du traitement sont le repos et la réhydratation.
  • La réhydratation d’un adulte en bonne santé peut généralement se faire à domicile. Recommander des boissons telles que des jus dilués, du thé, du bouillon de légumes, de l'eau et des sauces aux baies. On déconseille aux patients de ne boire que des boissons sucrées ou d’en boire trop, car elles pourraient provoquer une diarrhée osmotique. Le patient peut consommer de petites quantités de nourriture. Le fait de manger n’aggrave pas la diarrhée.
  • Les produits destinés à restaurer l’équilibre des fluides et des sels minéraux, disponibles en pharmacie, peuvent prévenir et traiter la déshydratation.
  • Le lopéramide peut être utilisé pour un traitement symptomatique à court terme (pendant 2 jours). Ce traitement est toutefois à proscrire en cas de forte fièvre ou de diarrhée sanglante, car une bactérie invasive (Salmonella, Shigella) pourrait infecter ces patients et l’action du lopéramide pourrait même aggraver leur état.
  • Les enfants, les personnes âgées et les personnes souffrant de maladies sous-jacentes sont sujets aux complications causées par la déshydratation et doivent faire l’objet d’une surveillance toute particulière. Voir aussi l’article « Diarrhée et vomissements chez l’enfant  »

    Guide de pratique clinique

    Diarrhée et vomissements chez l'enfant

    .

  • En présence d’une douleur abdominale sévère ou d’une sensibilité évidente à la palpation abdominale, garder à l’esprit la possibilité d’une indication chirurgicale.
  • Dégradation de l’état général.
  • Forte fièvre et/ou mauvais état général (par ex. septicémie à Salmonella).
  • Déshydratation suffisamment grave
    ​Déshydratation > 8% du poids, collapsus, ou vomissements rendant la prise orale impossible (CMIT 2023)
     pour nécessiter une réhydratation par voie intraveineuse.
  • Cardite, pancréatite, méningite, cholécystite ou toute autre complication grave associée à la diarrhée.
  • Arthrite accompagnée de symptômes sévères.
  • Fièvre et séjour dans un pays tropical (exclure le paludisme et commencer l’administration empirique de ceftriaxone, actif contre la S. Typhi).
  • Syndrome de Guillain-Barré (après une entérite à Campylobacter).

  • Les postes à haut risque sont ceux où un travailleur infecté pourrait faciliter une propagation de l’infection à grande échelle ou ceux où les personnes infectées sont plus susceptibles de développer des complications.
  • La définition des professions à haut risque, les politiques connexes et les protocoles d’analyse pour prévenir de nouvelles infections varient d'un pays à l'autre. Se renseigner sur les définitions et les exigences locales.
  • Le travailleur d’une activité à haut risque qui développe une gastro-entérite ou une diarrhée doit cesser le travail, quelle que soit la cause de la pathologie.
  • Le travailleur peut reprendre le travail après 2 jours sans symptômes, sauf si l’échantillon de selles révèle la présence de Salmonella, d’ECEH ou de Shigella. Les porteurs de ces germes doivent interrompre le travail jusqu’à l’obtention d’échantillons négatifs.
  • Dans le cas de la salmonellose, le prélèvement d'échantillons de suivi pour la culture doit être commencé au plus tôt une semaine après l'obtention du résultat positif de la culture fécale. Prélever des échantillons une fois par semaine jusqu’au premier échantillon négatif et ensuite, tous les deux jours. Le patient ne doit pas retourner au travail jusqu’à l’obtention de 3 échantillons négatifs consécutifs.

  • ECEA = E. coli entéroagrégative, ECEP = E. coli entéropathogène, ECET = E. coli entérotoxigénique
  • Il s’agit des pathogènes fécaux les plus fréquents chez le voyageur atteint de diarrhée.
  • Ces pathogènes ne sont pas détectables par coproculture conventionnelle.
  • La méthode d’amplification des acides nucléiques
    PCR​ (la PCR fait partie des Tests d'Amplification des Acides Nucléiques ou TAAN) (HAS 2025)
     permet de les détecter.
  • Parfois, l'ECEA et l'ECEP peuvent être retrouvés dans les selles plusieurs mois après le voyage sans provoquer de symptômes. Ainsi, leur détection chez un patient souffrant de diarrhée de longue durée ne démontre pas toujours une relation de cause à effet.
  • Traitement : repos et réhydratation. Dans la plupart des cas, la maladie est spontanément résolutive et se soigne sans traitement antibiotique.
  • Cependant, si un traitement antibiotique est nécessaire, on recommande la ciprofloxazine (500 mg deux fois par jour pendant 1–3 jours) ou l'azithromycine (500 mg une fois par jour pendant 3 jours).
  • Le vaccin anticholérique oral
    Pas d'AMM en France pour cette indication (BDPM)
     (Dukoral®) offre également une protection à court terme contre certaines souches d’ECET.

  • Elle produit la Shigatoxine, également connue sous le nom de vérotoxine (Stx1 ou Stx2), qui est à l’origine des symptômes de la maladie.
  • En Finlande, toutes les souches sont référencées comme étant des ECEH. Dans d’autres pays, seules les souches à l’origine de la forme sévère de la maladie sont désignées par cette abréviation, tandis que les souches qui n’occasionnent pas de symptômes ou seulement des symptômes légers sont appelées STEC et VTEC.
  • Sa propagation se fait via la nourriture, en particulier la viande hachée crue, le lait non pasteurisé et les légumes non lavés ; elle provient la plupart du temps des matières fécales du bétail.
  • La dose infectieuse est très faible et elle peut également se transmettre par contact direct.
  • Elle peut être à l’origine d’une épidémie diffuse.
  • Elle peut provoquer une diarrhée sanglante sans fièvre (Stx2). Cependant, on la retrouve aussi dans les matières fécales des voyageurs présentant peu ou même aucun symptôme.
  • La diarrhée sanglante, dans le pire des cas (soit moins de 10 % des patients), peut conduire à un dysfonctionnement rénal sévère (syndrome hémolytique-urémique ou SHU) ou à un purpura thrombotique thrombocytopénique (PTT).
  • L’administration d’antibiotiques n’est pas recommandée, car la dégradation de la bactérie provoque une libération soudaine et diffuse de toxines.
  • Lorsque le patient présente une diarrhée sanglante ou que l’on suspecte une infection par ECEH, réaliser une coproculture et rechercher la présence de toxines. Un premier résultat devrait être disponible dans les 24 heures ouvrables suivant la réception de l'échantillon. Rechercher la toxine de la souche cultivée (Stx1 et Stx2) par PCR.
  • L'identification de l'ECEH peut également se faire par tests de détection des acides nucléiques
    PCR​ (la PCR fait partie des Tests d'Amplification des Acides Nucléiques ou TAAN) (HAS 2025)
     destinés à détecter les pathogènes fécaux en analysant l'ECEH et les autres bactéries responsables de la diarrhée (détection des acides nucléiques associée à une culture de résultats positifs).
  • L’infection à ECEH étant référencée comme une maladie dangereuse à déclaration obligatoire
    Les toxi-infections alimentaires collectives sont des maladies à déclaration obligatoire​ (Santé Publique France 2023)
    , le médecin doit la notifier aux autorités sanitaires.

  • Il existe plus de 2 500 sérotypes, parmi lesquels S. Enteritidis et S. Typhimurium sont les plus répandus dans le monde.
  • En Finlande, on diagnostique environ 2 000 cas annuellement, la plupart des patients ayant contracté l’infection lors d’un séjour à l’étranger.
  • La source de l’infection
    Transmission peut être directe interhumaine ou indirecte (oeufs++, viandes) (CMIT 2022)
     est la nourriture. Il faut un inoculum relativement important pour causer une infection et les bactéries doivent donc avoir eu l’occasion de se multiplier dans la nourriture avant de pouvoir provoquer une infection.
  • La forme la plus fréquente de la maladie est une entérite, accompagnée de diarrhée, de douleurs abdominales et de fièvre.
  • L’infection est généralement limitée aux intestins, mais une bactériémie est également possible.
  • Le diagnostic
    Repose sur coproculture ou hémoculture (CMIT 2022)
     repose sur un test de détection des acides nucléiques
    PCR Salmonelle (la PCR fait partie des Tests d'Amplification des Acides Nucléiques ou TAAN) ​(HAS 2025)
     de selles (détection d'acide nucléique associée à une culture des résultats positifs).
  • La résistance est fréquente. L’antibiothérapie n’est généralement pas nécessaire, sauf si le tableau clinique (suspicion d’infection systémique, maladie prolongée) ou des particularités propres au patient (maladie primaire importante, enfant de moins d’un an ou patient âgé) l’exigent. Une diarrhée à Salmonella accompagnée de symptômes modérés à sévères se traite généralement par ciprofloxazine (500 mg deux fois par jour pendant 3 jours) ou par azithromycine (500 mg une fois par jour pendant 3 jours), si la souche est sensible aux médicaments spécifiques. Si les symptômes disparaissent, aucune coproculture n’est nécessaire, sauf si la personne exerce une profession à haut risque (voir ci-dessus).
  • Traitement des porteurs de la Salmonella : si l’état de porteur persiste pendant plus d’un an, envisager un traitement d’éradication
    En cas de portage chronique, pas d’antibiothérapie. Elimination spontanément dans > 99 % des cas dans les 6 mois (CMIT 2022)
     qui sera mis en place après consultation d’un spécialiste des maladies infectieuses.
  • On traite la salmonellose positive à l’hémoculture par antibiothérapie intraveineuse.
  • Pour les porteurs de Salmonella dans les professions à haut risque, consulter un épidémiologiste ou un spécialiste des maladies infectieuses responsable de la région concernée.

  • Dans les pays industrialisés, l’infection à Campylobacter est l’une des causes les plus courantes de diarrhée bactérienne.
  • Les animaux sont généralement la source d’infection, par l’intermédiaire d’une viande pas assez cuite, en particulier le poulet et le poulet grillé ou par l'ingestion d'eau contaminée par la bactérie ; à l’étranger également, par l’intermédiaire de lait non pasteurisé.
  • Campylobacter jejuni est l’agent causal dans 90–95 % des cas et C. coli dans 10–15 % des cas. Les infections ont lieu à l’étranger dans 70 % des cas.
  • Même à faible dose, la pathologie est infectieuse. La période d’incubation est de 1 à 7 jours.
  • La maladie provoque une diarrhée aiguë, souvent accompagnée de douleurs abdominales sévères et de fièvre. La diarrhée perdure 3 à 5 jours et la guérison est souvent spontanée, mais la sensation de malaise peut durer beaucoup plus longtemps.
  • La bactériémie est rare (1 %), mais dans ce cas, le patient doit consulter un spécialiste des maladies infectieuses.
  • Le diagnostic doit être basé
    Repose sur une coproculture​ (CMIT 2022)
     sur un test de détection des acides nucléiques
    ​PCR Campylobacter (la PCR fait partie des Tests d'Amplification des Acides Nucléiques ou TAAN) (HAS 2025)
     (détection des acides nucléiques associée à une culture des résultats positifs).
  • Si les symptômes de gastro-entérite ont déjà disparu ou s'ils sont légers au moment où l’étiologie est confirmée, aucun traitement antibiotique n’est nécessaire. Toutefois, si les symptômes du patient nécessitent un traitement avec un antibiotique, le choix principal est un macrolide (p.ex. azithromycine 500 mg une fois par jour pendant 3 jours). La résistance à la fluoroquinolone est fréquente dans de nombreux pays.

    ​​Pour le traitement antibiotique recommandé en France, voir .

    Date de modification

    15/07/2025

    Auteurs

    Pesci, Agathe; Scheer, Jordan; Thebault, Jean-Laurent

  • La bactérie Yersinia se développe sur les animaux, en particulier le porc. La transmission à l’homme se fait par les aliments contaminés par Yersinia.
  • Y. enterocolitica, Y. pseudotuberculosis ou encore Y. pestis peuvent générer une infection chez l’homme.
  • Chez les patients atteints de diarrhée, l’agent causal est généralement Y. enterocolitica et parfois Y. pseudotuberculosis.
  • Y. pestis est responsable des épisodes historiques de peste, connue sous le nom de « peste noire ». La peste bubonique est la forme la plus fréquente, la peste pneumonique étant la forme la plus redoutable de la maladie.
  • La période d’incubation de la diarrhée est de 4 à 6 jours.
  • Certaines des infections provoquent une entérite légère ou fébrile, d’autres entraînent une adénite mésentérique, qui peut ressembler à une appendicite.
  • Généralement, l’entérite à Yersinia disparaît spontanément. Toutefois, une complication post-infectieuse sous forme d’une arthrite réactionnelle peut se développer, particulièrement chez les patients HLA-B27 positifs.
  • Le diagnostic
    Repose sur la coproculture (CMIT 2022)
     repose sur un test de détection des acides nucléiques
    ​PCR Yersinia (la PCR fait partie des Tests d'Amplification des Acides Nucléiques ou TAAN) (HAS 2025)
     (détection des acides nucléiques associée à une culture des résultats positifs).
  • Dans les cas sévères, les antibiotiques de premier choix sont les fluoroquinolones ou la ceftriaxone.

    ​​Pour le traitement antibiotique recommandé en France, voir .​

    Date de modification

    15/07/2025

    Auteurs

    Pesci, Agathe; Scheer, Jordan; Thebault, Jean-Laurent

  • Voir également l’article sur la Yersiniose

    Guide de pratique clinique

    Yersiniose

    .

  • Rare dans l'UE/EEE
    Recrudescence des cas, notamment à Mayotte depuis 2024 (HCSP 2025)
    , y compris comme cause de diarrhée du voyageur.
  • La transmission se fait par l’eau ou les aliments.
  • La toxine sécrétée par la bactérie est responsable des symptômes.
  • La période d’incubation varie de plusieurs heures à plusieurs jours.
  • Parmi les symptômes, on note l’apparition soudaine d’une diarrhée indolore et de selles aqueuses et abondantes.
  • La majorité des cas sont relativement peu sévères et la maladie est spontanément résolutive. Au pire des cas, la maladie peut cependant entraîner une hypovolémie, une acidose et un choc en quelques heures.
  • Le choléra est une maladie contagieuse dangereuse à déclaration obligatoire
    Le choléra est une maladie à déclaration obligatoire​ en France (Santé Publique France 2023)
     et en cas de suspicion, contacter un laboratoire de microbiologie pour obtenir les instructions relatives au prélèvement des échantillons.
  • Les tests de détection des acides nucléiques
    ​PCR (la PCR fait partie des Tests d'Amplification des Acides Nucléiques ou TAAN) (HAS 2025)
     destinés à la recherche des agents pathogènes fécaux utilisés dans certains laboratoires sont également capables de détecter V. cholerae. Un résultat de test positif nécessite que la toxine cholérique soit déterminée à titre d'analyse supplémentaire, car les souches qui ne produisent pas de toxine ne provoquent pas de maladie.
  • L’objectif principal du traitement est le remplacement des liquides et des électrolytes perdus. La réhydratation s’effectue généralement en administrant des solutés de réhydratation orale (SRO C
    In people with cholera, reduced osmolarity ORS may be associated with hyponatremia when compared with standard ORS, but provides benefits in terms of other outcomes.
    ) ou dans les cas les plus sévères, par perfusion intraveineuse.
  • Les antibiotiques utilisés pour le traitement sont les fluoroquinolones et les tétracyclines.

    ​Pour le traitement antibiotique recommandé en France, voir .​

    Date de modification

    15/07/2025

    Auteurs

    Pesci, Agathe; Scheer, Jordan; Thebault, Jean-Laurent

  • Un vaccin oral inactivé (Dukoral®) est recommandé préventivement pour les voyageurs qui se rendent dans des régions où le niveau d’hygiène est particulièrement pauvre (par ex. les camps de réfugiés).

    Pour la recommandation vaccinale en France, voir sur vaccination-info-service.fr : 

    • vaccin non recommandé pour les voyageurs

    • ​recommandé pour les professionnels intervenant auprès de malades, en situation d'épidémie et ceux déployés dans le cadre de mandats ONU dans les pays où le choléra est présent

    • des actions ciblées de vaccination ont été mises en oeuvre à Mayotte depuis 2024
  • Comme l’infection par le choléra est classée dans les maladies dangereuses à déclaration obligatoire, le médecin doit la notifier.

  • Clostridioides difficile est susceptible d'être à l’origine d’une diarrhée associée à la prise d’antibiotiques.
  • Voir l’article distinct sur la « Diarrhée associée à Clostridioides difficile »

    Guide de pratique clinique

    Diarrhée à Clostridioides difficile

    ..

  • Le norovirus est un calicivirus. L’épidémie survient principalement à la fin de l’hiver.
  • Le norovirus est l’une des causes les plus fréquentes des maladies diarrhéiques chez l’adulte.
  • Il est souvent à l’origine de gastro-entérites chez les enfants.
  • La période d’incubation est de 12 à 36 heures.
  • Parmi les symptômes de la maladie, citons vomissements souvent importants, diarrhée concomitante et fièvre légère.
  • La maladie ne se prolonge généralement pas plus de 2 jours, mais l’élimination du virus dans les selles se poursuit pendant environ un mois.
  • L’immunité développée n’est pas de longue durée et le même virus peut provoquer une nouvelle infection après environ 6 mois.
  • Le diagnostic est difficile, l’amplification génique
    Acte hors nomenclature, non remboursée en ambulatoire (Ministère de la santé 2024, DGOS 2018)
     étant la meilleure méthode, surtout utile lors du dépistage des épidémies.
  • Aucun vaccin n’est disponible.

  • Dientamoeba fragilis et Giardia intestinalis sont des agents causaux courants parmi les protozoaires responsables de la diarrhée.
  • Les parasites intestinaux sont susceptibles d'être à l’origine d’une diarrhée prolongée chez le voyageur (voir « Douleurs abdominales prolongées chez le voyageur »

    Guide de pratique clinique

    Douleurs abdominales prolongées chez le voyageur

    ).
  • Le tableau clinique peut également consister en une maladie diarrhéique aiguë sévère, en particulier avec les infections à Cryptosporidium. Dans la giardiase et la dientamoebose, les symptômes peuvent également débuter par une diarrhée aiguë.
  • La plupart des patients ont été infectés à l'étranger ; l'infection à Dientamoeba fragilis peut être acquise dans le pays d'origine ou à l'étranger.
  • Pour le diagnostic, voir « Douleurs abdominales prolongées chez le voyageur »

    Guide de pratique clinique

    Douleurs abdominales prolongées chez le voyageur

    .
  • Voir les articles distincts sur « La giardiase »

    Guide de pratique clinique

    Giardiase

    , « L’amibiase »

    Guide de pratique clinique

    Amibiase

    , « La cryptosporidiose »

    Guide de pratique clinique

    Cryptosporidiose

     et « La dientamoebiase »

    Guide de pratique clinique

    Dientamœbose chez l'adulte

    .
Auteurs : Kantele, Anu
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